Описание
«OmicsPipe» является программным обеспечением для последовательного преобразования данных ДНК-секвенирования (FASTQ файлы), полученных с помощью секвенатора нового поколения. Программа предназначена для последовательного преобразования данных ДНК-секвенирования с описанием последовательности в декларативном стиле с использованием контейнеризации для упрощения управления системными зависимостями и воспроизводимости результатов. Программа используется в научных исследованиях и в медицинской деятельности для накопления данных и их последующего анализа. Например, при поиске новых молекулярных мишеней, исследовании эффективности препаратов, поиске клинико-патологических зависимостей.
Функциональные характеристики
-
Основные компоненты системы.
- /deps — статические данные, необходимые для запуска биоинформатических программ, выполняющих преобразование данных.
- /omicspipe/configs — конфигурации, которые описывают последовательность преобразований данных ДНК-секвенирования.
- /omicspipe/services — описание сервисов и docker-образов, которые используются в файлах конфигурации.
- /omicspipe/lib.py — модуль, который читает файлы конфигурации и выполняет запуск контейнеров и команд внутри контейнера, для выполнения последовательных преобразований данных ДНК-секвенирования.
- /omicspipe/run_pipeline.py — точка входа программы, предоставляющая интерфейс командной строки для запуска последовательных преобразований данных.
-
Возможности сервиса
- Описывает последовательные преобразования данных ДНК-секвенирований в декларативном стиле.
- Использует инструменты контейнеризации для запуска биоинформатических программ.
- Возможность обновления версий сервисов и добавления новых сервисов.
- Возможность изменения последовательности преобразований данных ДНК-секвенирований.
- Возможность запуска последовательности преобразований данных ДНК-секвенирований через интерфейс командной строки ОС Ubuntu 22.04.
- Возможность изменения статических данных, необходимых для выполнения преобразования данных биоинформатической программой.
- Логирование процесса последовательного преобразования данных ДНК-секвенирования.
Если вы обнаружили ошибку, пожалуйста, уведомите нас — выделите текст с ошибкой и нажмите клавиши Ctrl+Enter. Отключите блокировщик рекламы, если после нажатия комбинации кнопок не срабатывает всплывающее окно.
